Masterchain - это цепочка "системного уровня" для материалов, которые влияют на всю сеть, а workchain - это место, где происходит "обычная жизнь", например, пользователи отправляют друг другу тонкоины. На данный момент существует только одна рабочая цепочка, но в будущем их может быть гораздо больше.
Вероятно, вы могли бы думать о мастер-цепочке как о "подвале" здания, а о рабочих цепочках как о "этажах", где на самом деле живут люди.
Таким образом, в основном вам не нужно иметь дело с "подвалом", вы просто выполняете свои задачи, используя базовую рабочую цепочку. И если вам по какой-то причине в будущем понадобится "спуститься в подвал" (напрямую взаимодействовать с masterchain), это, вероятно, будет означать, что вы занялись какими-то низкоуровневыми вещами, и к тому времени вы поймете разницу.