Ваше понимание близко к истине.
Насколько я понимаю, "атомарность" в данном контексте - это концепция, которая родилась задолго до блокчейна TON. Вероятно, это появилось в поле базы данных: https://en.wikipedia.org/wiki/Atomicity_(database_systems)
В нем используется метафора атома как чего-то, что нельзя разделить (хотя человечеству все-таки удалось расщепить атом). Таким образом, "атомарное событие" - это "неделимое" событие. Он может состоять из нескольких частей, но они действуют как единое целое, их нельзя разделить.
На практике это означает, что если начинает происходить атомарное событие и какая-то его часть происходит, но затем что-то мешает произойти следующей части, то первая часть откатывается назад. Таким образом, атомарное событие либо происходит полностью, либо не происходит вообще (поскольку все откатывается назад и возвращается в исходное состояние). Это не может произойти "наполовину".